La chiesa di San Paolo fu eretta prima dell’anno mille sui basamenti di un’area sacra “pelasgica”, di cui restano evidenti segni lungo il lato settentrionale della costruzione.
Si presenta attualmente con le forme assunte nel corso del XVIII secolo, in seguito a consistenti ristrutturazioni che culminarono con la costruzione di una nuova imponente facciata, in pietra e laterizio, affidata al progetto dell’architetto Jacopo Subleyras, eretta insieme al vicino campanile e terminata nel 1808.
La facciata mostra di ispirarsi al modello delle maggiori basiliche romane, per la presenza di un unico ordine di paraste a binati. 
L’attico e il timpano della chiesa furono invece aggiunti nel 1883, su progetto di Giulio Pitocchi.
Dal pronao, pavimentato con ciottoli di fiume, attraverso tre porte, corrispondenti alle navate, ci si immette nella basilica. L’interno non conserva più nulla del suo primitivo aspetto, a causa dei grandi rifacimenti a cui la chiesa è andata soggetta nei secoli sedicesimo, diciassettesimo e, soprattutto, nel secolo diciottesimo.
La navata centrale, con volta a botte lunettata che poggia su archi a tutto sesto sorretti da pilastri, incrociandosi con le navate laterali, forma una pianta a croce latina.
Conserva preziosi reperti cosmateschi tra cui alcuni frammenti marmorei appartenenti ad un pergamo medievale, costruito nel 1222 in occasione della visita ad Alatri del pontefice Onorio III.
Nella Concattedrale  è conservata la statua del patrono della città, San Sisto I, martirizzato a Roma nel 125 sotto l’imperatore Adriano, il cui prezioso volto argenteo fu disegnato nel 1584 da Mons. Ignazio Danti; vi sono inoltre le reliquie del Santo pervenute in Alatri nel 1132 a dorso di una mula che ostinatamente, anziché proseguire il suo percorso verso Alife, dove era diretta, deviò verso Alatri fermandosi solo davanti alla Cattedrale. Da quell’anno esse sono custodite in questa Chiesa entro un’antichissima urna di piombo.
Nella Concattedrale di San Paolo è custodito uno dei pochi miracoli eucaristici d’Italia: l’Ostia Incarnata. Una teca vitrea riposta a fianco della navata destra mostra la particola consacrata, divenuta straordinariamente carne umana in seguito ad un atto sacrilego compiuto in Alatri fra la fine del 1227 e l’inizio dell’anno successivo. La memoria di questo evento miracoloso è riportata in un mandato papale inviato da Gregorio IX al vescovo diocesano Giovanni V il 13 marzo 1228.
Nella Concattedrale inoltre sono custodite le spoglie della Beata Suor Maria Raffaella Cimatti definita “Angelo dei malati” delle Suore Ospedaliere della Misericordia, Beatificata il 12 maggio 1996 da papa Giovanni Paolo II.  Si ricorda il 23 giugno.
L’intero complesso, costituito dalla Chiesa e dall’adiacente palazzo vescovile, racchiuso a sua volta da mura, è oggi circondato da una fascia a parco pubblico, dal quale si gode una vista superba.

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